2014年03月30日

系統樹創成不能症候群

昨晩買い物から戻ってくるとき、寮のすぐ近くの畑を横切るキツネを発見。いいものが見られたのだが、よくあることだという。キツネなぞ、つくばにいたころには雲の上の存在だっただけに、哺乳類に目覚めた人間からすればたまらない。

今朝は7時起床。菅平に来てからまだすっきりとした目覚めを体感できておらず、今日も今日とて辛い。シャワーを浴びて目覚ましを図るのだがあまり効き目が無い…

昨日ミヤモトクロカワゲラの採集に行ったときに奇妙なものを発見した。


おそらくノウサギの糞なのだが、このようにたくさん散らばっている光景を見たのは初めてである。カモシカは信じられない位の量のため糞を作ると聞いており、実際にその写真も見せてもらったことがあるのだが、ウサギもため糞とは言わないまでも、まとめて排泄するのだろうか。それはこの先ある程度確かめることができるだろう。
※ちなみに去年の菅平の実習の際、ウサギの糞から抽出したお茶を飲みました。

さて本日は午前中は研究室に行って勉強とカワゲラの世話を行った。お昼過ぎからカワゲラの系統関係をPC上で創世できないものかと色々と試してみたのだが、今のところ手描きよりも簡単で思いのままに樹形を表現できる手段は無さそうだ。Microsoftのツールにある組織図では2又以上の分岐がうまく表現できないし枝先を揃えることができない。
ちなみに一般的な系統樹は何らかのデータから構築するようで、610がやろうと思っているような、任意の階層構造を自由に構築できるようなものは検索をかけてもうまくヒットしない(分子系統樹の解析ソフトみたいなものが引っ掛かってしまい、先に進めない)。パソコンで無理に作ろうとすると、ちまちま線を並べたり文字を移動させるような編集しかできないのは大変に不便であり、すごくみっともなくもある。

ちなみにネット上で見つけた、階層構造をテキストファイルに変換できるフリーソフトを使うと、カワゲラの系統関係はご覧のようになる。日本にいないミナミカワゲラ亜目ほかいくつかのグループにも日本語の名称が与えられているのだが、これはこのサイトによる

カワゲラ目
├──ミナミカワゲラ亜目
│  ├──ハレギカワゲラ上科
│  │  ├──ハレギカワゲラ科
│  │  └──チリカワゲラ科
│  └──ツリカワゲラ上科
│     ├──カクムネカワゲラ科
│     └──ツリカワゲラ科
└──キタカワゲラ亜目
   ├──完舌下目
   │  ├──トワダカワゲラ科
   │  └──オナシカワゲラ上科
   │     ├──ミジカオカワゲラ科
   │     ├──クロカワゲラ科
   │     ├──ホソカワゲラ科
   │     └──オナシカワゲラ科
   │        └──ミナミオナシカワゲラ科
   └──同舌下目
      ├──オオカワゲラ上科
      │  ├──オオカワゲラ科
      │  ├──ビンナンカワゲラ科
      │  └──ヒロムネカワゲラ科
      └──カワゲラ上科
         ├──カワゲラ科
         ├──ミドリカワゲラ科
         └──アミメカワゲラ科

オナシカワゲラ上科-(ミジカオ,(クロ、ホソ),(オナシ、ミナミオナシ))としたいのに(ミジカオ,クロ,ホソ,(オナシ,(ミナミ)))になってしまう-やオオカワゲラ上科でうまく系統関係が表現できないのが目下の悩みである。180度回転した└があればよいのだが、そういうものは一般的に不要だろうから対応していないのだろうなあ…


ちなみに再現したいのはこの論文に載っているFig.2の系統樹である。

~・~・~

明日からはまたカワゲラ三昧の日々が始まるのでしょう。それ自体はとても楽しみですが、ただ一つ難点があります。それは目覚めが悪いこと・・・



Posted by Impulse610 at 18:10│Comments(0)
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